скорее всего твой GUI либо указывает где конфиг
либо у него конфиг к сделан под запуск с -D ..
типа конфиг надо найти и посмотреть что у него внутри.
ну и неплохо бы еще узнать, что этот gui делает.
в любом случае.. какой линукс? и что есть в /etc/rc.d/init.d/httpd?