Для перевода темы в русло PHP, предложу не самое лучшее, но самое очевидное(для меня) решение:
PHP скрипт обёртка, для закачки файлов с сервера (можно реализовать и докачку и пр.) для ограничения скорости - считываем и посылаем из файла N байт, при этом замеряем время отработки данной операции, из чего можно вычислить скорость закачки и если она больше необходимой засыпаем на определённое время(думаю высчитать его не проблема)