У меня возникала с FCKeditor проблема в том, что он генерил невалидный (не well formed) код,
заменил на TinyMCE, и все ок
А если ты имеешь ввиду редактирование в WISIWYG xml аля: пишешь - как в ворде, на выходе docbook xml (или какой-то свой), то самому придется писать почти с нуля, ни FCKeditor, ни TinyMCE, для этого не предназначены.