Щас, по порядку.
Во-первых, я не хотел ставить FTP сервер как таковой в надежде, что эту функцию как-то можно описать средствами PHP.
Во-вторых, я хотел подхватывать данные непосредственно в момент передачи, исключив необходимость проверки папки на наличие файлов
В третьих, по-моему, проще решился бы вопрос с защитой от несанкционированного доступа, т.к. чужие файлы просто бы не обрабатывались
В третьих - микроконтроллеров - до 64 штук, и заводить для каждого отдельный файл или каталог - на мой взгляд расточительно. Все равно внутри файла есть адресная информация о том, кто пихает файл