Разобрался. Для запроса по двум и более ключам надо создать составной индекс.
Не уверен можно ли задать одному условия, как '=', другому как '>='. Для условия по обоим индексам '=' работает верно.
Вот пример, кому пригодится:
my_table:
id | item_id | owner_id |
--------------------------
1 | 100 | 500 |
2 | 100 | 500 |
3 | 101 | 501 |
my_index = key my_index(item_id, owner_id)
php:
$host = 'localhost';
$port = 9998;
$hs = new HandlerSocket($host, $port);
$index_id = 0;
$db_name = 'my_db';
$tbl_name = 'my_table';
$index_name = 'my_index';
$cols = 'id,item_id,owner_id';
if (!$hs->openIndex($index_id, $db_name, $tbl_name, $index_name, $cols))
throw new Exception($hs->getError());
$operate = '=';
$value = array(100, 500);
$limit = 10;
$offset = 0;
$retval = $hs->executeSingle(
$index_id, $operate, $value, $limit, $offset
);