Я считаю что нужно добавить следущую процедуру.
В каждой таблице сделать дополнительное поле значение которого будет присваиваться 1, когда эта запись заберается скриптом из Mysql в mssql.
Если запись в Mysql изменяется то значение этого поля обнуляестя. И при следующем обходе скрипт вновь его снова заберет и изменить значчение соответствующей записи в mssql.
Остальные поля у которых 1, скприпт пропустит.
Это позволит сократить время синхронизации, объем трафика и т.д.
Shyroop, а вы не думаете что нужно будет делать и обратную синхронизацию из Mssql в Mysql?