нет, база абсолютно никак не помечает ни порядок строк, ни время, ни любые другие параметры.
С точки зрения клиента, это черный ящик, в котором строки равноправны и упорядочиваются только запросом.
я думаю, что наервере есть какие-нибудь утилиты командной троки, типа diff, которые могут тебе из двух дампов выдать только отличающиеся строки.
Хотя лично я не парюсь и кидаю дамп целиком, на автомате, еженедельно