"Non-thread-safe Win32 binaries" - это для тех, кто использует non-threaded API, такие как CLI, CGI, FastCGI.
Чисто теоретически, если вам не нужна thread-safety, то эти бинарники будут работать чуть быстрее (в пределах нескольких процентов).
Для Apache/IIS нужен стандартный пакет (threadsafe).