я не проф, но думаю в этом ничего страшного нету, т.к. если работает зачем что-то менять, а файл этот вполне ещё может находиться в /usr/bin либо /usr/local/bin
во всех...
хех
ты бы еще на дискетку файл записал и там менял.
есть путь, по которому РНР ищет свой конфиг.
он указан в phpinfo();
остальные конфиги ему до одного места.
чудес не бывает, правь его.