В принципе, легкий гуглинг не показал наличия таких проблем у VMBitrix.
Странно то, что ошибка 404. Если бы сервер грохался была бы 500 или 500++, а 404 - это кто-то перехватил и сообщил, что нефиг сюда лазить...
Может какие prepend-скрипты стоят. Параметр auto_prepend_file в php.ini