svn up это команда обновления рабочей копии разработчика. Со всей version information. А svn export - команда получения "чистого" дерева исходников проекта.
То, что svn up "условно" преобразуется в результат svn export удалением .svn - это не повод (например, я не уверен, что в обоих случаях одинаково разворачиваются все keywords) - точно так же, почему не стоит удалять гланды через анальное отверстие.
Но это еще ничего страшного. Самый звиздец, когда на сервере хранят .svn, и обновляют прямо написанием там svn up. Помимо соображений безопасности (получение исходников через внешний доступ к .svn, возможность оперировать над репозиторием в случае exec/php injection etc), это такой же идиотизм как заливать файлы проекта поверх предыдущего по ftp/scp. Разве что это домашная страничка васи пупкина и его сраной кошки, и неконсистентное состояние дерева исходных кодов проекта на продакшене в течение этого времени никого не волнует.
Более того, эта привычка позволяет разводить на сервере свалку. В каталоге проекта должен быть только код приложения, и больше ничего.