эээ... думаю это нелогичное поведение. Если текст просто обновляется, то есть меняется не очень, то зачем деактивировать undo/redo? А если это уже совершенно другой текст, то логично было бы убивать редактор, делать новый textarea, и на нем инициализировать редактор. Хотя... всяко конечно бывает.
Но я такой команды не знаю, надо спрашивать на их форуме.
А как текст кстати грузится? Командой mceSetContent?