По моему мнению, лучше конечно использовать index.php
Во-первых, так в целом гораздо удобнее получается, потому-что много мусора в .htaccess разгрести и понять труднее, чем в пхп.
А во-вторых, потому-что можно написать простенький контроллер, выбирающий нужную функцию обработчик действия самостоятельно заместо 1000 правил.
Просто частенько встречаюсь с сайтами, где ну очень дофига статических правил в .htaccess. Для каждой странички.
Поэтому про экономию на спичках - согласен, потому что выгода с этого несоизмерима.