Опять же идите в жопу, я вот щас возьму из zend_mail класс для работы с smtp и буду ходить жаловаться что он сам по себе не работает, и что кто тут будет дурак?
Для класса фреймворка совершенно логично подразумевать что он работает в подготовленной среде.
Если хочется гибкости - выносим класс Zend_Environment с методами setup() и restore(), хочешь строить все из кусочков зенда - пожалуйста, только вот Environment захвати. Всякие новомодные композеры прекрасно решат проблему зависимостей, если лень прочитать ман.