> ограничивается только html
А у меня априори в ЧПУ только html, зачем мне что-то другое.
> отдельным приложением, а не модулем
Модуль и есть отдельное приложение, работа которого (модуля) строго изолирована и ни как не влияет. Кроме того, задача модуля админки сходится к передачи интерации в контроллер модуля, проверки прав и смены шаблона и все. Фактически, модуля администрирования несущевствует, и правильно.
> не запишется в стандартный лог php
В логи мне писать не нужно. Эта проблема может возникнуть только в процессе разработки, из-за неправильной работой с объектами.
1. Неймспейсы использовать в данном приложении нет смысла, не нужно применять технологии ради их применения.
2.> вопрос, а если где то том дальше захочу отдать какойто файл у меня проблем не будет?
Не будет, посмотрите .htaccess