В ожидании переноса обсудим проблему в отрыве от MySQL:
Если код JS маленький, то кэшировать него незачем. Если большой, то, как у всех здоровых людей, он живет по отдельному URL. Внимание, вопрос: что мешает отдавая контент по данному URL отдать нужные тебе заголовки для разрешения кэширования?