Зачем? Толку тогда от вынесения скрипта в отдельный файл, если в итоге он все равно дублируется в каждом HTML-файле?
Hint: JS из отдельного файла (== по отдельному URL) можно подключать так: <script src="jsfile.js">. Если этот файл статический, то он кэшируется автоматически, если генерится скриптом - см. ответ Crazy.