Библиотека, которая иногда, на некоторых запросах будет генерировать неправильный SQL и грохаться с ошибкой как-то не очень удачна, imho
Можно попытаться обеспечить работоспособность библиотеки при любых входных SQL. Просто отключить генерацию исключения в PDO при выполнении запроса-счетчика.
В случае, если произошла ошибка - ругаемся в лог или еще куда и тупо выполняем исходный запрос без лимита, подсчитывая счетчик вручную. При некоторой ловкости рук - можно результат запроса закэшировать, чтобы его еще раз не выполнять, если это, конечно, в природе возможно...