Надо сказать, что пишу я сам преимущественно шаблоны на нативном пхп сейчас.
С моей точки зрения, проблема «шаблоны на пхп против шаблоны со своим синтаксисом» довольно надумана, ну или хотя бы неоднозначна — потому что, это по факту одно и то же, и с таким же успехом можно спорить что лучше, руби или пхп.
У отдельного языка шаблонизации, с моей точки зрения, есть плюсы в виде естественного разделения логики приложения с логикой отображения, а нативные шаблоны в данном случае очень соблазнительны в плане появления у неопытных программистов мыслей типа «ну я щас тут быстренько всего лишь один запросик к базе сделаю, ничего же не будет». Другим моментом является то, что нет «чистых шаблонов на нативном пхп» если только вы не пишете это все без общей точки входа в index.php, a в стиле «одна страница - один файл» — иначе вам все равно приходится писать обертки, хелперы, перехватывать вывод, следить за областью видимости переменной — поэтому «пхп это шаблонизатор» в большинстве случаев — не правда. Хотите двухпроходный шаблон с общим родительским шаблоном? Вы все равно будете писать шаблонизатор, пусть даже и с нативным синтаксисом.
Поэтому я просто слабо представляю себе, как их сравнивать — по-моему, это одно и то же, в конечном итоге.