я так понял ребята над одним проектом работают. А так, еще про chroot забыл.
Над одним, и?
user1.domain.dev -> fpm pool user1 -> user1:www-data -> /home/user1/projectname
user2.domain.dev -> fpm pool user2 -> user2:www-data -> /home/user2/projectname
chroot при одинаковом окружении не нужен, просто не забыть TMP=/home/user1/tmp. Ну и конфиги nginx удобно положить в /home/user1/etc, в /etc/nginx/nginx.conf сделать include, и дать sudo на nginx configtest/reload.
А если уж нужны разные версии nginx/fpm, разный набор расширений итд - проще сделать lxc-виртуалки.
Касаемо CI, это имеет смысл для staging-окружения. Оно вполне делается на том же сервере идентичным образом, но туда никто вообще не должен ходить руками.