Еще раз: если у пользователя нет никаких прав на хостинге, то он и вашу волшебную CMS туда залить не сможет, и запустить не сможет, и вообще ничего не сможет. Чтобы изменить файл, рут не нужен, достаточно быть его владельцем. Если юзер просто заливает файлы, залогинившись под своей учеткой, то созданные файлы будут принадлежать ему.
А по-хорошему, нужно делать веб-интерфейс для редактирования конфига, потому что если вы считаете, что юзер не знает, как сменить владельца файла, то уж в конфиг его пускать с голыми руками это вообще преступление. Но даже в случае веб-интерфейса файл нужно отдать во владение юзера веб-сервера.
В общем, ставьте на все файлы в своей CMS 777 и не парьтесь. Придет время, и все само собой разрешится.