А смысл?
У вас сейчас ОДИН сервер на котором крутится сразу куча сайтов и базы данных. А вы уже размышляете о маштабировании и архитектуре, при этом считаете что
>>На веб-сервере не всё так легко можно перенести на новый сервер (на этом сервере не один сайт находится, много настроек оптимизирующих работу и т. д.),
И это в эпоху амазонов, облаков, докеров и т.д.
Решайте вопросы по мере их появления. Нет никакой проблемы вынести монгу на отдельный сервер или даже пачку, настроить шардинг и т.д. Если тормозят парсеры, разбирайся с ними, разберись почему тормозят, а уже потом будешь решать как оптимизировать. Нет серебрянной пули, которая решит все вопросы с производительностью.