Вот теперь все ясно.
Дело в том, что у тебя в $nomerstr2 нет перевода строки. А когда ты делаешь массив $Messages1=file('e_tmp/news1.txt'); у тебя получается массив строк, причем в конце каждой строки стоит перевод строки.
Когда ты пишешь в файл первая строка( $nomerstr2) так и попадает без перевода, а остальные с переводами.
ps я вот только не понимаю, зачем нужно было читать каждуй строку отдельно. Не легче ли прочитать весь файл, потом записать сначала нужную строку с переводом строки, а потом все остальное.