c faq ознакомился. ничего нового не нашел.
попробую объяснить ситуацию "на яблоках":
запросил юзер reader.php, reader.php прочитал текст до точки, удалил этот кусок текста, и вернул его юзеру в форме. юзер сидит работает с текстом. все сделал и отправил результат в reader.php.
reader.php запускает скрипт analizer.php и шлет ему то, что прислал юзер (analizer.php долго анализирует текст, результаты пишет в файл (отличный от первого)). reader.php, запустил analizer.php, а сам делает то что ему положено - читает следующее предложение и шлет юзеру.