будет ли в большинстве случаев MySQL использовать индексы для таблицы, в которой 50-100 записей и все записи попадают в выборку?
Это следует из того, что выбираются все записиХм... А это откуда следует?
http://www.mysql.ru/docs/man/MySQL_indexes.html
http://spivak.kiev.ua/mysql/mysql-indexes.html