Уникальные посетители считаются по кукам. Если куки нет - комбинация хост+UA.
Для хитов - такое же расхождение.
Не надо пытаться найти какой-то косяк в алгоритме, там нет ничего оригинального. Возможен только вариант, что я где-то накосячил в реализации.
Вопрос в том, какой процент посетителей хотлог не считает (или у скольки процентов пользователей отключены картинки или вырезаются счётчики)? Отталкиваясь от этих данных я смогу проверить свои. У меня есть противоречивые сведения: одна компания в Новосибе просчитала погрешность в 10%, а другая в Иркутске в 25%. Если отталкиваться от этих цифр, то получается в разных регионах ещё люди по-разному сетью пользуются.