Возможно, ограничения сервера, включен ли вывод ошибок?
FTP и Apache, видать, под разными пользователями работают.
Что делать? Создать папку через FTP, поставить ей chmod 777, и пускай там уже только скрипты создают-заливают-удаляют. Ну, или хостера менять.