Fidget
Начать надо не с того "как будет устроена моя мега-супер ЦМС, где там будет ядро и какое??"
А с того, что прежде всего максимально подробно ответить себе на следущие вопросы:
1. Зачем оно вообще тебе надо, не проще ли разобраться с уже написанной професcионалами и поучиться на их примере?
2. Если уж, решил писать свою, то прежде всего определиться с тем, что ты понимаешь под CMS, со своим списком требований к этому продукту. Что она будет делать, какие возможности и сервисы предоставлять пользователю, возможно сторонним разработчикам.
3. И уже имея список требований к сервисам ЦМС можно будет определиться, какие из них как и где реализовывать. В ядре, в модулях, или всё в одном php-файле.
Писать программу просто потому, что "хочу написать какую-нибудь программу" можно, но пользы не будет ни прикладной, ни самообразовательной.