Пробежался сейчас по коду WP, шаблоны на первый взгляд отделены, SQL действительно вместе с "основным" кодом, вот, что мне сразу не понравилось, так это что файлы ни как не сгруппированы, такое впечатления, что просто все вмести свалено.
С этой CMS я разбирался плотней и с компонентом WM2, в целом она мне понравилась, но уж очень сильно тормозит она, особенно WM2, хотя тогда он был на этапе разработки (сентябрь 2011 года), возможно сейчас он нормально работает.
Что значит "в одном файле"? Есть классы, работающие с базой данных, есть шаблоны. Не понятно, что вы хотели этим сказать.
Шаблон проектирования MVC там поддерживается только для тем, создаваемых верстальщиком. Многое (для упрощения) в core-файлах свалено в одну кучу.
В WP может быть не предусмотрена смена базы данных в принципе, вся работа идёт с mysql. Вероятно это сделано для упрощения. На большинстве хостингов такой вариант само то.
обратная совместимость и всё такое. слезть с говнокода без координального переписывания нельзя, чему бы ты за последнее время не научился. здесь проблема не в авторах, а в пользователях и экосистеме вокруг популярного фреймворка-cms. сам занимаюсь сейчас таким дермом, у нас очень профессиональная команда, а избавиться от говнокода никак нельзя, при этом для фич приходится делать новые костыли и писать новый говнокод.
В Джомле на сколько я знаю, нет обратной совместимости версии 1,5 с более ранними версиями.
