вообще пихать скрипты в индекс - неудобно.
таким образом - index.php?page удобно показывать только статические, html страницы.
а скрипт - это самостоятельная программа.
со своими параметрами, со своими настройками дизайна и так далее.
программа сначала начала выполняться, потом загрузила оформление, потом свое содержание, потом снова оформление.
а не так, как у тебя сейчас - сначала индекс загрузил оформление, потом программа, которая уже ничего не может сделать, потом индекс грузит оформление