возьми все запросы, которые у тебя выполняются в твоём скрипте
(я ОЧЕНЬ надеюсь, что у тебя там нет запросов в цикле)
и выполни их все в консоли.
там тебе покажет такие маленькие цыферки после выполнения каждого.
это время.
если время выполнения какого-то запроса сильно большое - десятыве доли секунды или больше - то тогда надо что-то оптимизировать (скорее всего - запрос).
а если время всех запросов минимальное, то тогда наджо не базу оптимизировать, а вырвать руки тому человеку, который писал скрипт, и вставить туда, откуда они у него растут.
я доступно расписал алгоритм?