master_x
несколько объявлений классов в одном файле - плохо с точки зрения разработки и сопровождения, но более эффективно с точки зрения непосредственной работы готового приложения (можете обратиться к докладу Расмуса Лердорфа -
http://talks.php.net/show/phpclub ). Так что при сборке релиза стоит объединять разрозненные файлы.
с другой стороны... семейство взаимосвязанных классов (например абстрактный родитель и его прямые потомки, или фабрика и ее классы) разносить по разным файлам не так уж и удобно. Возможно, стоит опираться не столько на формальную схему один класс == один файл, сколько на логику и архитектуру приложения в целом ("слой" работы с данными, "слой" ответственный за пользовательский интерфейс и т.п.). Но это - мое частное мнение.
негласные правила именования полей в базе данных существуют. Но я редко сталкивался с такими правилами на уровне MySQL. Люди работающие с СУБД типа MS-SQL Server или Oracle как-то более формализированы в этом вопросе.
опять же, с другой стороны (вот привязалось

есть такое понятие, как метаданные и принятые для описания тех или иных сущностей стандарты. Например, inetOrgPerson -
http://unix.org.ua/rfc/rfc2798.html Лично мне кажется более логичным использовать при описании подобных, стандартизированных сущностей, принятые обозначения (в общем-то довольно удобно ссылаться затем на нужный стандарт при интеграции с другим проектом. Всем становится понятнее ожидаемый набор полей). Надо заметить, что для таких, часто встречающихся в нашей работе понятий как "новость", "событие", "документ" и т.п. давно есть метаописания, признанные международным сообществом.