у меня недавно взломали один знакомый сайт, как в последствии выяснилось, ftp ссылка была передана в открытом виде через IE и был осуществлен ftp-доступ с помощью IE. очевидно где-то перехватили, или дырка в ИЕ.
вообще смотри логи сервера (access.log и error.log). Это поможет определить причину взлома.
еще надо смотреть логи messages.log и ftp логи. Могли найти дырку в самой Ось.
-~{}~ 03.05.07 14:21:
по логам выяснилось, что ломали через китайцев или это был китайский робот.
-~{}~ 03.05.07 14:23:
вообще, проверь весь код, где есть любой ввод пользовательских данных. что там и как ескейпится...
есть ли использование eval - это потенциальная дыра...
есть ли использование $$var, safe mode ну и много всяких еще причин может быть.