Есть еще один выход. Сначала ты компилишь PHP без поддержки Apache. Тогда появляется файл /usr/bin/php (на RH, в других системах это может быть /usr/local/bin/php и т.д.).
В своем php-скрипте ты вписывыешь первую строку типа:
#!/usr/bin/php
а далее все как обычно
<? и т.д.
С этим можно работать как с shell или perl скриптами, засовывать их в cron, запускать с командной строки и т.п. и т.д.
После такой установки нужно перекомпилить php с поддержкой Apache. Но /usr/bin/php все равно останется и будет работать.