даже index.php не надо класть в докрут. и что еще за index.php?

докрут нужен для того, чтобы поставить в соответствие request uri и путь на диске к статике. все, что не запросы в статику, надо роутить в приложение (которое к каталогу со статикой на диске никаког отношения не имеет).
это все привычки, сформированные говнохостингами
на собственном сервере уже можно начинать настраивать все нормально, только сначала надо забыть все, как делал раньше, и осмыслить с нуля. и конечно мыслить приложениями, а не сайтами.
тем кто делает сайты, а не приложения, это все понимать конечно не надо. веб-программистам тоже