"погляди, мне лично больше Fedora нравится."
федора - альфа версия рэдхата. не рекомендую, если не хочешь глюки отлавливать. используй вместо нее CentOS. фактически это рэдхат без поддержки.
так как вопрос задан на форуме по php - то лучше использовать FreeBSD (больше вероятность, что именно она стоит у хостера) imho FreeBSD понятнее будет, чем разбираться в огромном кол-ве линукс дистрибов.
"1. Какое железо в идеале нужно прикупить?"
виртуальная машина. vmware. для начала хватит с головой.
потом купить vds. на данный момент самый дешевый vds можно купить за 150р. в месяц.
"2. Какую ОС на базе *nix выбрать для первого раза и обучения?"
думаю стоит остановиться на FreeBSD. также рекомендую из unix - Debian, CentOS (RedHat)
"3. Может, какие книги фундаментальные?"
точно нужно читать офиц. документацию. удивительно, но некоторые это не делают. в FreeBSD - handbook.
"Суть такова: я в *nix системах знаю только ls команду (позор!!)"
отличная книга, чтобы исправить это - "linux и unix: программирование в shell" Девида Тейнсли. (linux and unix shell programming. David Tansley)
там есть основы. всё ОЧЕНЬ подробно.
"4. Что вообще нужно учесть, может, какие-то рекомендации, направленные на быстрый и успешный старт?"
здесь не знаю, что ответить
читать книги, маны. двигаться вперед.
man man
man apropos
вот handbook
http://www.freebsd.org/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/index.html
Глава 3. Основы UNIX
http://www.freebsd.org/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/basics.html
"да в том то и дело, хотелось самому по меньшей мере научиться ставить расширения, апачи и пр."
вот, что тебя интересует
http://www.freebsd.org/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/network-apache.html