magic
zend вскрывается на ура. Где то есть сайты и не один, что грузишь свой зазенденый код и тебе выдается расшифрованный. Я загружал. Аж 3 секунды шел процесс и я получил даже форматированный вывод. Конечно не то что было исходником (ибо происходит декомпиляция), но абсолютно рабочий.
Так что есть и такие решения

1) запутать все в проекте так, что хрен кто разберется где что. Такими вещами занимаются обфускаторы или проги типа SourseCop
2) Использовать тучу связанных файлов. Ибо там же писалось что за декодирование одной страницы берут 5 у.е. В итоге дороже выйдет.
Но это уже фигня полная. Если кому то надо то взломает.
Если кому то хочется ну уж сильно защиту, то меняйте язык, либо используйте сторонние компиляторы (но они требуют своей длл на сервере где выполняется скрипт + идут as is)