Absinthe, ну, простота входа как раз обманчива. Да, пользоваться просто, но нужно самому следить за целостностью, строить схемы, следить за индексами и т.д, не зря почти все инструменты для работы с монгой требуют описание схемы для того, что теоретически schemaless database. Но для меня основная проблема в том, что под рукой нет ни одного админа-девопса, который бы мог админить монгу, особенно в случаях проблем или падения. Так что проблема как раз в моём незнании монги из-за высокого порога по администрированию.
Кстати, для mysql я пользуюсь простой схемой, если нужно ложить сложные структуры - ложу их в поле через json_encode - serialize, если нужен поиск, добавляю в таблицу соответственную ячейку и дублирую туда значение из структуры.