Есть два варианта:
1) Считать все отданное, независимо от того скачали файл полностью или недокачали: отдавать php-кой маленькими кусочками с flush() после каждого кусочка - отдал приплюсовал,отдал приплюсовал...
Метод будет показывать немного больше чем реальное кол-во поэтому ограничение надо будет скоректировать.
2) Плюсовать только то, что полностью скачали:
на register_shutdown_function вешаем плюсующую ф-ю
закачанного (хотя вопрос спорный)