брось идею с разными папками... когда будешь менять скрипты, то тоже будешь их по разным папкам кидать?
для ЧПУ юзай mod rewrite in htaccess
Ядро надо держать в одном месте, логику можно там же, .... язык можешь писать в константу, чтобы тягать везде и не потерять случаем..
а шаблоны.. что тут сказать, не знаю как там смарти хваленый работает, но, по-моему, от того как будет называться шаблон ничего не поменяется, если его правильно подхватывать.
-~{}~ 16.02.10 00:37:
можно даже полностью генерировать результат выполнения всех модулей и суб-модулей, буферизируя их ob_start() .. ob_get_contents(), а потом все это счастье сливать с шаблоном воедино