Проблема в большом количестве одновременно открытых соединений.
Читай здесь http://www.php.net/manual/en/features.persistent-connections.php
Или help по функции mysql_pconnect.
mysql_pconnect() работает аналогично mysql_connect() с двумя отличиями. Постоянные соединения раздаются разным соединениям. То есть
Во-первых, при соединении, функция пытается найти уже открытый (постоянный) указатель на тот же сервер с тем же пользователем и паролем. Если он найден, возвращён функцией будет именно он, вместо открытия нового соединения.
Во-вторых, соединение с SQL-сервером не будет закрыто, когда работа скрипта закончится. Вместо этого, оно останется рабочим для будущего использования (mysql_close() также не закрывает постоянные соединения).
Лично я не использую постоянные соединения и не знаю, с какими проблемами там можно столкнуться, но надеюсь помогут.