Ну, как вариант, наверно, можно парсить введенный пхп-код и в соответствии с результатами выполнять необходимые действия. Это, конечно, при условии, что вводимый код должен выполнять строго ограниченный набор действий. Ну или, как минимум, проходить регуляркой код перед использованием eval.