я вот не врубаюсь, специально поэксперементировал - делал дампы из емс - и утф и цп1251 работают на ура. и set names ставит корректно - из свойств соединения с конкретной бд в емс. и дамп сгенерированный отображается в емс нормально.
# SQL Manager 2007 for MySQL 4.1.0.5
если есть траблы с экспортом, то возможно не корректно проставлена кодировка в емс в св-ах соединения с конкретной бд