Возьми не "монстроидальный фреймворк" типо CI, Kohana, почитай о концепции MVC - структуре построения приложения - ибо в этом твой вопрос, также постарайся сразу въехать в ООП.
Можеш сразу конечно начать писать "в своем стиле", но почитать и ознакомиться с вышесказанным имхо очень стоит.