хмм...
а если такой иврат попробовать:
допустим, скрипт, кот. у тебя что-то делает в директории - dir.php
сделать файл hint.php, а в нем сделать следующее:
считать содержимое dir.php и создать файл dir1.php - точную копию dir.php.
Тока owner у dir1.php будет уже apache. Ну а там уж посмотреть, сможет ли эта копия ченить сделать с нужными тебе файлами/директориями...
Я в принципе провел маленький тест, но:
1) у меня на рабочем компе (где я могу поставить и safe mode) Windows - так что это не прокатит
2) на тестовом UNIX-серваке нету safe mode...
Так что если захочешь попробовать этот путь (ну ничего больше в голову не пришло), то проверяй сам...