Похоже, что в MySQL не встроенных функций для кодирования/раскодирования base64. В таком случае можно либо решать проблему не средствами только SQL либо написать хранимую процедуру, которая будет раскодировать base64.
запускаешь этот скрипт, в результате у тебя появляются 2 функции (BASE64_DECODE (input BLOB), BASE64_ENCODE (input BLOB)) и таблица (base64_data, в текущей БД)
но работать они скорее всего будут только в той БД, в которой таблица создана
а в чем проблема достать пароли из базы, потом использовать любое существующее средство для преобразования, и запихнуть всё обратно? давно уже можно было сделать