Если бы ограничение можно было обходить, в нем не было бы смысла.
Как вариант "через жопу" - положить скрипт в ../virtualhosts/fun/httpdocs/ и придумать, как получать результат его рабты ( через file('http://..."), наример).
Еще вариант "через жопу" - положить скрипт в cgi-bin, обозвать .cgi и положить туда php.ini со своими настройками, который при необходимости прописать в строке вызова php (первой строке скрипта - #/usr/bin/php ...).