---------------------------------------------------
Эта часть топика исправлена и уточнена, вследствие критики Вурдалака. Теперь, вроде, без косяков
Интересная статья
How to use eval() without using eval() in PHP
http://gonzalo123.com/2012/03/12/how-to-use-eval-without-using-eval-in-php/
Один из вариантов как избавиться от применения eval описан автором статьи так:
My idea is simple. Create a temporary file with the PHP source code, include this file with the standard PHP’s include functions and destroy the temporary file.. Автор пишет, что на производительности это ощутимо не сказывается.
Имхо, такой вариант применим и в том случае, когда скрипт PHP хранится в БД. Насколько это оптимально - не могу судить.
-----------------------------------------------
Есть неофициальные сбррки CMS MODX Evo, в которых все модули, сниппеты, плагины из БД перенесены в файлы, все работает, и даже лучше. При этом может и есть какие-то подводные камни, но они мне неизвестны. Хотелось бы знать, что может проявиться. Для MODX это когда-нибудь выяснится, возможно. В MODX Evo эти eval сидят в скриптых (в ядре тоже) и как от них избавиться и к чему это приведет - вопрос в тумане.
Что же касательно отдельных независимых проектов на PHP- для себя решил на данном этапе в БД скрипты не помещать и eval стараться не использовать.