смотри.
пхп - интерпретируемый язык.
это значит, что каждый раз, на каждый запрос пользователя, тексты всех скриптов, участвующих в обработке запроса, нужно перебрать по одному символу, провести лексический анализ и транслировать в байт-код.
пока скрипты маленькие, 100-200 килобайт - это не принципиально.
Но когда код разрастается до нескольких мегабайт - нагрузка на интерпретатор становится уже ощутимой.
И для разрешения этой проблемы придумали кэшеры байт-кода.
которые хранят внутри себя уже готовый байт-код.
и когда программа только ещё собирается заинклюдить какой-нибудь файл, кэшер такой - опа! а у меня уже готовое есть! - и подсовывает байт код без чтения файла и парсинга.
чем значительно ускоряет процесс, сокращает нагрузку.
Поэтому так важно, чтобы код лежал в файлах, при этом не временных. потому что если нету файла, то и кэшировать нечего.
Поэтому, если разработчик не малалетний далбаоп, то он держит свой код в файлах, а не в том, что ему подсказала эротическая фантазия.
Сами же по себе рассуждения про "есть ли жизнь на марсе, быстрее ли чтение из файла" - науке безразличны.
Самих по себе запросов к базе и чтений файла на обработку каждого запроса происходят десятки. Одним больше, одним меньше - не принципиально.
Но вообще, я думаю ввести запрет на вопросы оптимизаторов-теоретиков. Объяснить им всё равно ничего невозможно, а времени на них тратится вагон