И все таки я зарылся в сурсы этого phpmyadmin-а. Как всегда и предпологал (знал), написан он кривейше ...
1 - Определение кодировки по тому, какой у меня язык стоит. Так там написано (RU) то подставляем первое попавшееся для этого языка.
2 - Игнорирует HTTP_ACCEPT_CHARSET (браузер отдает "windows-1251"; phpmyadmin отдает koi)
3 - И что самое смешное, игнорирует
$cfg['DefaultLang'] и $cfg['DefaultCharset']
4 - Лечится снесением всех кодрировок кроме нужной в libraries/select_lang.lib.php
p.s.
"phpmyadmin - программа с мировой известностью" (с) Дима